Zugänge
- Timo Horn (1.FC Köln U23)
- Mikael Ishak (Assyriska FF / Wechsel zum 1.1.2012)
- Ammar Jemal (ausgeliehen von Young-Boys Bern)
- Thiemo-Jerome Kialka (1.FC Köln U23)
- Sascha Riether (VfL Wolfsburg)
- Henrique Sereno (ausgeliehen vom FC Porto)
- Odise Roshi (Flamurtari Vlore)
- Daniel Schwabke (1.FC Köln U23)
Abgänge
- Bienvenue Basala-Mazana (ausgeliehen an SV Ried)
- Carsten Cullmann (Karriereende)
- Fabrice Ehret (TGFC Evian)
- Sebastian Freis (SC Freiburg/Wechsel in der Winterpause)
- Michael Gardawski (VfL Osnabrück)
- Konstantinos Giannoulis (ausgeliehen an Atromitos Halkidona)
- Thiemo-Jerome Kialka (Jahn Regensburg/Wechsel in der Winterpause)
- Alexandru Ionita (ausgeliehen an Rapid Bukarest/Wechsel in der Winterpause)
- Manasseh Ishiaku (Vertrag aufgelöst)
- Thomas Kessler (ausgeliehen an Eintracht Frankfurt)
- Tomoaki Makino (ausgeliehen an Urawa Red Diamonds/Wechsel in der Winterpause)
- Adam Matuschyk (ausgeliehen an Fortuna Düsseldorf/Wechsel in der Winterpause)
- Youssef Mohamad (Al Ahli)
- Michael Niedrig (Karriereende)
- Stephan Salger (ausgeliehen an VfL Osnabrück)
- Wilfried Sanou (erhält keinen neuen Vertrag/Ziel unbekannt)
- Simon Terodde (ausgeliehen an Union Berlin)
- Jose Pierre Vunguidica (ausgeliehen an SC Preußen Münster)
- Reinhold Yabo (ausgeliehen an Alemannia Aachen)
- Taner Yalcin (ausgeliehen an Istanbul BB)